Queria saber se podemos participar da licitação com o CNPJ da matriz, porém na hora de entregar os empenhos, se podemos emitir a nota com um CNPJ de filial?

É correto participar da licitação com o CNPJ da matriz.

Aliás, segundo a Lei n. 8.666/93:

“Art. 31.  A documentação relativa à qualificação econômico-financeira limitar-se-á a:

(…)

II – certidão negativa de falência ou concordata expedida pelo distribuidor da sede da pessoa jurídica, ou de execução patrimonial, expedida no domicílio da pessoa física; Porém, o CNPJ da vindoura nota fiscal deverá coincidir com o CNPJ da empresa vencedora do certame, sob pena de dificuldades para a efetivação do pagamento.

Uma possível alternativa é a inclusão (adicional a Matriz) do CNPJ da respectiva filial no correspondente contrato.

(Colaborou Professor Dr. Roberto Baungartner – advogado, Mestre e Doutor especializado em Licitações Públicas e consultor jurídico da RHS LICITAÇÕES).